BACKGROUND: Escherichia albertii is an emerging zoonotic foodborne pathogen. Its prevalence, distribution, and reservoirs are not yet clearly defined. In this study, we evaluated the occurrence and genomic characteristics of E. albertii in livestock from Switzerland. A total of 515 caecal samples from sheep, cattle, calves, and fattening swine were collected between May 2022 and August 2022 at abattoir level. Using an E. albertii-specific PCR targeting the Eacdt-gene, 23,7 % (51/215) of swine from 24 different farms were positive. One (1 %) out of 100 calves showed a positive PCR result, while all samples from sheep and cattle were PCR negative. Eight E. albertii isolates could be recovered from swine samples and were analysed using whole-genome sequencing. All eight isolates belonged to ST2087 or a ST4619 group subclade, as did most genomes of the 11 available global swine isolates from public databases. These two clusters shared the presence of a virulence plasmid harboring the sitABCD and iuc genes. In summary, we demonstrate that fattening swine constitute an E. albertii reservoir in Switzerland and describe specific swine-associated lineages.
BACKGROUND: Escherichia albertii ist ein neu auftretender zoonotischer lebensmittelassoziierter Krankheitserreger. Prävalenz, Verbreitung und mögliche Reservoire sind noch nicht eindeutig definiert. In dieser Studie haben wir das Vorkommen und die genomischen Eigenschaften von E. albertii bei Nutztieren in der Schweiz evaluiert. Zwischen Mai und August 2022 wurden insgesamt 515 Blinddarmproben von Schafen, Rindern, Kälbern und Mastschweinen während des Schlachtvorganges entnommen. Unter Verwendung einer E. albertii-spezifischen PCR, die auf das Eacdt-Gen abzielte, waren 23,7 % (51/215) der Schweine aus 24 verschiedenen Betrieben positiv. Eines (1 %) von 100 Kälbern zeigte ein positives PCR-Ergebnis, während alle Proben von Schafen und Rindern PCR-negativ waren. Acht E. albertii-Isolate konnten aus Schweineproben gewonnen und mittels Ganzgenomsequenzierung analysiert werden. Alle acht Isolate gehörten zu den MLST Sequenztypen ST2087 oder ST4619, ebenso wie die meisten Genome der 11 verfügbaren globalen Schweineisolate aus öffentlichen Datenbanken. Diese beiden Cluster teilten das Vorhandensein eines Virulenzplasmids, das die sitABCD- und iuc-Gene beherbergte. Zusammenfassend zeigen wir, dass Mastschweine ein E. albertii-Reservoir in der Schweiz darstellen und beschreiben spezifische Schweine-assoziierte Bakteriencluster.
BACKGROUND: Escherichia albertii est un pathogène alimentaire zoonotique émergent. Sa prévalence, sa distribution et ses réservoirs ne sont pas encore clairement définis. Dans cette étude, nous avons évalué l’occurrence et les caractéristiques génomiques d’E. albertii chez le bétail en Suisse. Au total, 515 échantillons cæcaux d’ovins, de bovins, de veaux et de porcs d’engraissement ont été prélevés entre mai 2022 et août 2022 au niveau de l’abattoir. En utilisant une PCR spécifique à E. albertii ciblant le gène Eacdt, 23,7 % (51/215) des porcs provenant de 24 exploitations différentes étaient positifs. Un (1 %) veau sur 100 a présenté un résultat positif à la PCR, tandis que tous les échantillons d’ovins et de bovins étaient négatifs à la PCR. Huit isolats d’E. albertii ont pu être récupérés à partir d’échantillons provenant de porcs et ont été analysés par séquençage du génome entier. Les huit isolats appartenaient au groupe ST2087 ou à un sous-clade du groupe ST4619, comme la plupart des génomes des 11 isolats porcins mondiaux disponibles dans les bases de données publiques. Ces deux groupes partageaient la présence d’un plasmide de virulence hébergeant les gènes sitABCD et iuc. En résumé, nous démontrons que les porcs d’engraissement constituent un réservoir d’E. albertii en Suisse et décrivons des lignées spécifiques associées aux porcs.
BACKGROUND: La Escherichia albertii è un patogeno zoonotico emergente negli alimenti. La sua prevalenza, distribuzione e i serbatoi non sono stati ancora chiaramente identificati. In questo studio abbiamo valutato la presenza e le caratteristiche genomiche di E. albertii negli animali da allevamento in Svizzera. Tra il maggio e l’agosto 2022, un totale di 515 campioni cecali sono stati raccolti da ovini, bovini, vitelli e suini da ingrasso durante il processo di macellazione. Utilizzando una PCR specifica per E. albertii mirata al gene Eacdt, il 23,7 % (51/215) dei suini provenienti da 24 aziende diverse è risultato positivo. Un vitello (1 %) su 100 ha mostrato un risultato positivo alla PCR, mentre tutti i campioni di ovini e bovini sono risultati negativi alla PCR. È stato possibile ottenere otto isolati di E. albertii da campioni di suini e sono stati analizzati mediante il sequenziamento dell’intero genoma. Tutti gli otto isolati appartenevano al gruppo ST2087 o a un sottoclade del gruppo ST4619, così come la maggior parte dei genomi degli 11 isolati globali di suini disponibili nelle banche dati pubbliche. Questi due cluster condividono la presenza di un plasmide di virulenza che ospita i geni sitABCD e iuc. In conclusione, abbiamo dimostrato che i suini da ingrasso rappresentano un serbatoio di E. albertii in Svizzera e abbiamo descritto specifici lignaggi associati ai suini.

BACKGROUND: The development of gastric ulcers in pigs has various reasons. In Switzerland, the last survey on the prevalence of gastric ulcers and possible risk factors was performed in 2005. We aimed to reassess gastric ulcers prevalence today, in 2021. A total of 1005 stomachs from fattening pigs from 136 batches and around 87 herds were evaluated at a Swiss abattoir. The Pars oesophagea of the stomach was scored from 0=healthy to 10=severe ulceration and strictures. Scores were compared between pigs produced under the labels «Integrierte Produktion Schweiz» (IPS, n=242 stomachs, 18 farms) and «Qualitätsmanagement-Schweizerfleisch» (QM, n=649, 58 farms) and others (n=114). The results showed a prevalence of 27,2 % mild mucosal changes (Scores 1-3), 14,9 % moderate mucosal changes (Scores 4-6) and 19,1 % severe mucosal changes (Scores 7-10). Only 38,8 % of the stomachs were rated 0 and thus considered healthy. Compared to the results from 2005, there is no difference concerning the lowest scores (0-2) and the highest scores (9-10). However, there was a shift from the medium scores (3-4) to higher scores (5-8). Stomach scores turned out to be herd specific. There were differences (p < 0,01) between labels, indicating that IPS pigs had less affected stomachs. Stomachs that were empty at slaughter showed higher scores (p < 0,001). The mean carcass weight of the pigs in the slaughter groups was negatively correlated (p < 0,05) to their median stomach score. Confiscations were not related to stomach scores. The results suggest that pig stomach health has not improved since 2005. The differences between labels seem to have resulted from different regulations prescribing a minimum particle size of enrichment material in IPS. The reasons for gastric ulcer development, including those on the individual herd within label, still have to be further clarified in order to allow targeted countermeasures. Given apparent farm-specificity, scoring of a limited number of stomachs per herd during the slaughter process could facilitate the establishment of a feedback scheme.
BACKGROUND: Die Entstehung von Magengeschwüren bei Schweinen hat verschiedene Gründe. In der Schweiz wurde die letzte Erhebung zur Prävalenz von Magengeschwüren und möglichen Risikofaktoren im Jahr 2005 durchgeführt. Heute, 2021, bewerteten wir die Prävalenz von Magengeschwüren neu. In einem Schweizer Schlachthof wurden 1005 Mägen von Mastschweinen aus 136 Chargen und rund 87 Beständen beurteilt. Die Pars oesophagea des Magens wurde von 0 = gesund bis 10 = schwere Ulzerationen und Strikturen bewertet. Die Bewertungen der Schweinemägen wurde zwischen den Labels «Integrierte Produktion Schweiz» (IPS, n=242 Mägen, 18 Betriebe) und «Qualitätsmanagement-Schweizerfleisch» (QM, n=649, 58 Betriebe) und anderen (n=114) verglichen. Die Untersuchungen zeigten eine Prävalenz von 27,2 % leichten Schleimhautveränderungen (Bewertungen 1–3), 14,9 % moderaten Schleimhautveränderungen (Bewertungen 4–6) und 19,1 % schweren Schleimhautveränderungen (Bewertungen 7–10). Nur 38,8 % der Mägen wurden mit 0 bewertet und gelten somit als gesund. Im Vergleich zu den Ergebnissen von 2005 gibt es keinen Unterschied zwischen den niedrigsten Werten (0–2) und den höchsten Werten (9–10). Allerdings gab es eine Verschiebung von den mittleren Werten (3–4) zu höheren Werten (5–8). Die Magenwerte erwiesen sich als herdenspezifisch. Zwischen den Labels gab es Unterschiede (p < 0,01) mit dem Hinweis, dass IPS-Schweine weniger betroffene Mägen hatten. Mägen, die bei der Schlachtung leer waren, zeigten höhere Werte (p < 0,001). Das mittlere Schlachtkörpergewicht war negativ korreliert (p < 0,05) mit ihrem mittleren Magenwert. Es bestand kein Zusammenhang zwischen Magenwerten und Beschlagnahmungen. Die Ergebnisse zeigen, dass sich die Magengesundheit von Schweinen seit 2005 nicht verbessert hat. Die Unterschiede zwischen den Labels könnten auf unterschiedliche Vorschriften der Mindestpartikelgrösse der Verhaltenanreicherungsmaterialien in der IPS zurückzuführen sein. Um prophylaktische Massnahmen zu ermöglichen, sollten in den einzelnen Herden innerhalb der Labels die Gründe für die Entstehung von Magengeschwüren weiter abgeklärt werden. Während des Schlachtprozesses könnte eine Untersuchung einer ­begrenzten Anzahl Mägen pro Herde die Einrichtung eines Feedback-Systems ermöglichen.
BACKGROUND: Le développement d’ulcères gastriques chez les porcs a des causes diverses. En Suisse, la dernière enquête sur la prévalence des ulcères gastriques et les facteurs de risque possibles a été réalisée en 2005. Nous avons voulu réévaluer la prévalence des ulcères gastriques en 2021. Un total de 1005 estomacs de porcs d’engraissement provenant de 136 lots et d’environ 87 troupeaux ont été évalués dans un abattoir suisse. La Pars œsophagea de l’estomac a été notée de 0=sain à 10=ulcérations et sténoses sévères. Les scores ont été comparés entre les porcs produits sous les labels «Production Intégrée Suisse» (IPS, n=242 estomacs, 18 exploitations) et «Assurance Qualité Viande Suisse» (QM, n=649, 58 exploitations) et les autres (n=114). Les résultats ont montré une prévalence de 27,2 % de modifications muqueuses légères (scores 1–3), 14,9 % de modifications muqueuses modérées (scores 4–6) et 19,1 % de modifications muqueuses sévères (scores 7–10). Seuls 38,8 % des estomacs ont été classés 0 et donc considérés comme sains. Par rapport aux résultats de 2005, il n’y a pas de différence entre les scores les plus bas (0–2) et les scores les plus élevés (9–10). Cependant, on constate un glissement des scores moyens (3–4) vers les scores plus élevés (5–8). Les scores d’estomac se sont avérés être spécifiques au troupeau. Il y avait des différences (p < 0,01) entre les étiquettes, indiquant que les porcs IPS avaient des estomacs moins affectés. Les estomacs qui étaient vides à l’abattage présentaient des scores plus élevés (p < 0,001). Le poids moyen de la carcasse des porcs dans les groupes d’abattage était négativement corrélé (p < 0,05) à leur score gastrique médian. Les confiscations n’étaient pas liées aux scores gastriques. Les résultats suggèrent que la santé de l’estomac des porcs ne s’est pas améliorée depuis 2005. Les différences entre les labels semblent résulter de réglementations différentes prescrivant une taille minimale des particules de matériau d’enrichissement dans les IPS. Les raisons de l’apparition d’ulcères gastriques, y compris celles concernant un lot individuel au sein d’un label, doivent encore être clarifiées afin de permettre des contre-mesures ciblées. Étant donné l’apparente spécificité des exploitations, la notation d’un nombre limité d’estomacs par troupeau au cours du processus d’abattage pourrait faciliter l’établissement d’un système de retour d’information.
BACKGROUND: Vi sono vari motivi che spiegano lo sviluppo delle ulcere gastriche nei maiali. In Svizzera, nel 2005 è stata effettuata l’ultima indagine sulla prevalenza delle ulcere gastriche e sui possibili fattori di rischio. In questo studio del 2021, abbiamo rivalutato la prevalenza delle ulcere gastriche. In un macello svizzero, sono stati esaminati 1005 stomaci di maiali da ingrasso provenienti da 136 lotti e circa 87 mandrie. La Pars oesophagea dello stomaco è stata valutata da 0 = sana a 10 = grave ulcerazione e stenosi. Le valutazioni degli stomaci dei suini sono state confrontate tra i marchi Integrated Production Switzerland (IPS, n=242 stomaci, 18 aziende), Quality Management Swiss Meat (QM, n=649, 58 aziende) e altre (n=114). I risultati hanno rilevato una prevalenza del 27,2 % di lievi modifiche della mucosa (punteggio 1–3), del 14,9 % di moderate modifiche della mucosa (punteggio 4–6) e del 19,1 % di gravi modifiche della mucosa (punteggio 7–10). Solo il 38,8 % degli stomaci è stato valutato 0 e quindi considerato sano. Rispetto ai risultati del 2005, non c’è differenza tra i punteggi più bassi (0–2) e quelli più alti (9–10). Tuttavia, c’è stata una variazione dai punteggi medi (3–4) ai punteggi più alti (5–8). I punteggi dello stomaco hanno dimostrato di essere specifici alle mandrie. Si sono rilevate differenze tra i marchi (p < 0,01) questo segnala che i maiali IPS avevano gli stomaci meno affetti. Gli stomaci che erano vuoti al momento della macellazione hanno mostrato valori più alti (p < 0,001). Il peso medio della carcassa era negativamente correlato (p < 0,05) al loro punteggio medio dello stomaco. Non si è trovata nessuna correlazione tra i valori dello stomaco e le confische. I risultati mostrano che la salute dello stomaco dei maiali non è migliorata dal 2005. Le differenze tra i marchi potrebbero essere dovute ai diversi regolamenti della dimensione minima dei materiali di arricchimento comportamentale nell’IPS. Per consentire misure profilattiche mirate, le ragioni dello sviluppo delle ulcere gastriche dovrebbero essere ulteriormente chiarite includendo quelle delle singole mandrie all’interno dei marchi. Visto la chiara specificità, durante il processo di macellazione, il punteggio di un numero limitato di stomaci per mandria potrebbe facilitare la creazione di un sistema di feedback.

BACKGROUND: African Swine Fever (ASF) is a severe viral disease infecting all suid species. Since the first outbreak in Georgia in 2007, it has slowly spread towards Western Europe and reached the European Union when first cases were detected in Poland and the Baltic States in 2014. ASF was first reported in China in 2018 and since then, it has spread to 14 countries within two years. This study aimed to estimate the introduction probability of ASF from Eastern Asia in a qualitative risk assessment, and to compare it to the probability from Eastern Europe, which was assessed in an earlier risk assessment. A high probability of introduction was estimated for the import of meat and meat products, which was found to be the most likely route of introduction. Less important routes were introduction by human contamination (low probability) or import of feed or blood products (very low probability). Import of domestic pigs or free-ranging wild boar, contaminated means of transport, or infected semen, embryo or ticks were all estimated to be negligible. For Eastern Europe, import of meat and meat products was also estimated to pose a high risk and was therefore the most likely route of introduction. Higher probabilities were estimated for import of live pigs, contaminated feed or means of transport and human contamination. Overall, the probability of introduction from Eastern Asia is only slightly lower than from Eastern Europe. As it is important to detect the first case as quickly as possible, it is important not to fall victim to habituation effects, but to remain vigilant.
BACKGROUND: Die Afrikanische Schweinepest (ASP) ist eine schwere Viruserkrankung, die alle Schweineartigen infiziert. Seit dem ersten Ausbruch in Georgien im Jahr 2007 hat sie sich langsam nach Westeuropa ausgebreitet und erreichte die Europäische Union im Jahre 2014, als die ersten Fälle in Polen und den baltischen Staaten diagnostiziert wurden. 2018 wurde die ASP erstmals in China entdeckt und breitete sich innerhalb von zwei Jahren in weitere 14 Länder aus. Ziel dieser Studie war es, die Einschleppungswahrscheinlichkeit der ASP aus Ostasien in einer qualitativen Risikobewertung abzuschätzen und mit einer früheren Risikobewertung der Einschleppungswahrscheinlichkeit aus Osteuropa zu vergleichen. Die Einschleppungswahrscheinlichkeit aus Asien durch den Import von Fleisch und Fleischprodukten wurde als hoch eingeschätzt, welcher sich als wahrscheinlichster Verschleppungsweg herausstellte. Weniger bedeutende Wege waren die Einschleppung durch menschliche Kontamination (geringe Wahrscheinlichkeit) oder die Einfuhr von Futtermitteln oder Blutprodukten (sehr geringe Wahrscheinlichkeit). Die Einfuhr von Hausschweinen oder freilaufende Wildschweine, kontaminierte Transportmittel oder infiziertes Sperma, Embryonen oder Zecken wurde als vernachlässigbar eingeschätzt. Auch für Osteuropa wurde der Import von Fleisch und Fleischprodukten als ein hohes Risiko der Einschleppung der ASP eingeschätzt und war daher der wahrscheinlichste Einfuhrweg. Höhere Wahrscheinlichkeiten wurden für den Import von lebenden Schweinen, kontaminierten Futtermitteln oder Transportmitteln und menschlicher Kontamination geschätzt. Insgesamt ist die Einschleppungswahrscheinlichkeit aus Ostasien nur geringfügig geringer als aus Osteuropa. Daher ist es essenziell den ersten Fall möglichst schnell zu erkennen, einer Gewöhnung vorzubeugen und immer wachsam zu bleiben.
BACKGROUND: La peste porcine africaine (PPA) est une maladie virale grave qui infecte toutes les espèces de suidés. Depuis le premier foyer en Géorgie en 2007, elle s’est lentement propagée vers l’Europe occidentale et a atteint l’Union européenne lorsque les premiers cas ont été détectés en Pologne et dans les États baltes en 2014. La PPA a été signalée pour la première fois en Chine en 2018 et depuis lors, elle s’est propagée dans 14 pays en deux ans. Cette étude visait à estimer la probabilité d’introduction de la PPA en provenance d’Asie orientale par une évaluation qualitative des risques et à la comparer à la probabilité en provenance d’Europe de l’Est, qui a été estimée dans une évaluation des risques antérieure. Une forte probabilité d’introduction a été estimée pour l’importation de viande et de produits carnés, qui s’est avérée être la voie d’introduction la plus probable. Les voies moins importantes étaient l’introduction par contamination humaine (faible probabilité) ou l’importation d’aliments pour animaux ou de produits sanguins (très faible probabilité). Les importations de porcs domestiques ou de sangliers sauvages, de moyens de transport contaminés ou de sperme, d’embryons ou de tiques infectés ont tous été estimés négligeables. Concernant l’Europe de l’Est, l’importation de viande et de produits carnés était également considérée comme présentant un risque élevé et était donc la voie d’introduction la plus probable. Des probabilités plus élevées ont été estimées pour l’importation de porcs vivants, d’aliments ou de moyens de transport contaminés et de contamination humaine. Dans l’ensemble, la probabilité d’introduction depuis L’Asie orientale n’est que légèrement inférieure à celle de l’Europe de l’Est. Comme il est essentiel de détecter le premier cas le plus rapidement possible, il est important de ne pas être victime d’effets d’accoutumance, mais de rester vigilant.
BACKGROUND: La peste suina africana (PSA) è una grave malattia virale che infetta tutte le specie di suidi. Dal primo focolaio in Georgia nel 2007, si è lentamente diffusa verso l’Europa occidentale e ha raggiunto l’Unione europea quando i primi casi sono stati rilevati in Polonia e negli Stati baltici nel 2014. La PSA è stata segnalata per la prima volta in Cina nel 2018 e da allora si è diffusa in 14 paesi in due anni. Questo studio mirava a stimare la probabilità di introduzione della PSA dall’Asia orientale in una valutazione qualitativa del rischio, e a confrontarla con la probabilità di introduzione dall’Europa orientale, stimata in una precedente valutazione del rischio. Un’alta probabilità di introduzione è stata attribuita all’importazione di carne e prodotti a base di carne, che è risultata essere anche la via di introduzione più probabile. Vie meno importanti sono considerate l’introduzione via contaminazione umana (bassa probabilità) o l’importazione di mangimi o prodotti sanguigni (probabilità molto bassa). La probabilità di introduzione attraverso maiali domestici o cinghiali selvatici, mezzi di trasporto contaminati, o sperma infetto, embrioni o zecche sono stati tutti stimati come trascurabili. Per l’Europa orientale, l’importazione di carne e prodotti a base di carne è stata anche stimata ad alto rischio ed è stata quindi classificata come la via di introduzione più probabile. Probabilità più alte sono state assegnate all’importazione di suini vivi, di mangimi o mezzi di trasporto contaminati e alla contaminazione umana. Nel complesso, la probabilità di introduzione dall’Asia orientale è solo leggermente inferiore a quella dall’Europa orientale. Poiché è importante rilevare il primo caso il più rapidamente possibile, è essenziale non cadere vittima degli effetti di assuefazione, e rimanere vigili.