胶质母细胞瘤(GBM),一种高度侵袭性的脑肿瘤,已经使用OMICS方法进行了广泛的研究,和最具特征性的分子决定因子已被纳入组织病理学诊断。研究数据,然而,只有一部分在临床实践中被采用。在这里,我们旨在介绍我们的epige­no­micGBM分析的结果,以更好地了解这些肿瘤的早期和晚期决定因素,并与执业专业人员分享我们发现的主要内容。
。在首次诊断(GBM1)和复发(GBM2)后手术获得GBM标本。从24对福尔马林固定的连续DNA中提取,石蜡包埋的肿瘤组织。减少的代表重亚硫酸盐测序试剂盒用于文库制备。在IlluminaNextSeq550仪器上对汇集的文库进行测序。甲基化对照(MC)从公开可用的数据库获得。进行生物信息学分析以鉴定MC队列中的差异甲基化途径及其元素,GBM1和GBM2。
。在GBM1与MC和GBM2vs.MC比较。在不同的我和害羞中,那些参与免疫调节的人,神经递质(特别是多巴胺能,去甲肾上腺素能和谷氨酸能)反应和干细胞分化和增殖的调节在GBM2与GBM1比较。
。我们的研究揭示了早期和晚期神经胶质瘤发生的生物学复杂性,包括从基本的细胞内通过扭曲的神经发育过程到肿瘤微环境中更特异性的免疫和高突的神经递质途径的机制。这些发现可能为治疗方法提供了考虑因素。
。Azagydaganatlegsúlyosabbtípusát,aglioblastomát(GBM)mélyrehatóantanulmányoztákOMICS-módszerekkelazelmúltévekben,éslegjellegzetesebbmolekulárismeghatározóiakórszövettanidiagnózisrészéváltak.akutatásiismeretekazonbancsakrészbenkerültekátaklinikaigyakorlatba。Jelentanulmányunkcélja,hogyepigenomikaielemzéseinkeredményeialapjánbemutassukaGBMkoraiés_imolekulárismeghatározóitagyakorlósz
。AGBM-mintákatazelssetdiagnózisután(GBM1)éskiújuláskor(GBM2)DNS-t24párformalinnalfixált,石蜡和急性;gyazottda­ga­nat­szövetbölvontukki。Akönyvtárkészí­tés减少代表亚硫酸氢盐Sequen­cingkitalkalarymazásávaltörtént。Akönyvtára­kategyIlluminaNextSeq550kész¨lékenszek­venáltuk。Ametilációskontrolokat(MC) egynyilvánosanérhetàadatbázisbólnyert&uuum;k。BioinformatikaielemzéseinksoránazonosítottukadifferenceálisanmetiláltútvonalakatésazokelemeitazMC-,GBM1-eacute;sGBM2-csoportokban。
。SzámosdifferenceáltanmetiláltútvonalattaláltunkaGBM1vs.MCé;是GBM2vs.MCö;sszehasonlítá;soksorá;n,amelyekintrutellulárisbiológiaiésagyszövet-fejlºdésifolyamatokbanvesznekrészt.EzzelSzemben,GBM2与GBM1差异与急性;ltanmetiláltútvonalaiközülaz免疫与急性;lyozásban,神经递质-(különösena多巴胺,去甲肾上腺素和急性;s谷氨酰胺)v和急性;laszokban,valamintazºssejt-differenciálódásésés&proliferációszabályozá
。Elemzésünkakoraiés?amiazalapvetºbiológiaielemektºlazeltorzultidegfejlºdésifolyamatokonát肿瘤-mikrokörnyezetspecifififikusabb免疫-éEzekazeredményekcélpontokatjelölnekmegújterápiásmegközelítésekszámára。
。Glioblastoma (GBM), a highly aggressive form of brain tumors, has been extensively studied using OMICS methods, and the most characteristic molecular determinants have been incorporated into the histopathological diagnosis. Research data, nevertheless, only partially have been adopted in clinical practice. Here we aimed to present results of our epigenomic GBM profiling to better understand early and late determinants of these tumors, and to share main elements of our findings with practicing professionals.
.GBM specimens were surgically obtained after first diagnosis (GBM1) and at recurrence (GBM2). DNA was extracted from 24 sequential pairs of formalin-fixed, paraffin-embedded tumor tissues. The Reduced Representation Bisulfite Sequencing kit was used for library preparation. Pooled libraries were sequenced on an Illumina NextSeq 550 instrument. Methylation controls (MC) were obtained from a publicly available database. Bioinformatic analyses were performed to identify differentially methylated pathways and their elements in cohorts of MC, GBM1 and GBM2.
.Several differentially methylated pathways involved in basic intracellular and brain tissue developmental processes were identified in the GBM1 vs. MC and GBM2 vs. MC comparisons. Among differentially methylated pathways, those involved in immune regulation, neurotransmitter (particularly dopaminergic, noradrenergic and glutaminergic) responses and regulation of stem cell differentiation and proliferation stood out in the GBM2 vs. GBM1 comparisons.
.Our study revealed biological complexity of early and late gliomagenesis encompassing mechanisms from basic intracellular through distorted neurodevelopmental processes to more specific immune and highjacked neurotransmitter pathways in the tumor microenvironment. These findings may offer considerations for therapeutic approaches.
.Az agydaganat legsúlyosabb típusát, a glioblastomát (GBM) mélyrehatóan tanulmányozták OMICS-módszerekkel az elmúlt években, és legjellegzetesebb molekuláris meghatározói a kórszövettani diagnózis részévé váltak. A kutatási ismeretek azonban csak részben kerültek át a klinikai gyakorlatba. Jelen tanulmányunk célja, hogy epigenomikai elemzéseink eredményei alapján bemutassuk a GBM korai és késői molekuláris meghatározóit a gyakorló szakemberek számára.
.A GBM-mintákat az első diagnózis után (GBM1) és kiújuláskor (GBM2) nyertük sebészeti úton. A DNS-t 24 pár formalinnal fixált, paraffinba ágyazott daganatszövetből vontuk ki. A könyvtárkészítés a Reduced Representation Bisulfite Sequencing kit alkalmazásával történt. A könyvtárakat egy Illumina NextSeq 550 készüléken szekvenáltuk. A metilációs kontrollokat (MC) egy nyilvánosan elérhető adatbázisból nyertük. Bioinformatikai elemzéseink során azonosítottuk a differenciálisan metilált útvonalakat és azok elemeit az MC-, GBM1- és GBM2-csoportokban.
.Számos differenciáltan metilált útvonalat találtunk a GBM1 vs. MC és a GBM2 vs. MC összehasonlítások során, amelyek intracelluláris biológiai és agyszövet-fejlődési folyamatokban vesznek részt. Ezzel szemben, a GBM2 vs. GBM1 differenciáltan metilált útvonalai közül az immunszabályozásban, a neurotranszmitter- (különösen a dopaminerg, noradrenerg és glutaminerg) válaszokban, valamint az őssejt-differenciálódás és -proliferáció szabályozásában részt vevő útvonalak emelhetők ki.
.Elemzésünk a korai és késői gliomagenezis biológiai komplexitását tárta fel, ami az alapvető biológiai elemektől az eltorzult idegfejlődési folyamatokon át a tumor-mikrokörnyezet specifikusabb immun- és neurotranszmitter-folyamatáig terjed. Ezek az eredmények célpontokat jelölnek meg új terápiás megközelítések számára.
.