OBJECTIVE: To
study the associations of nine genetic variants with the risk and dynamics of recovery (outcome) of ischemic stroke (IS) using the developed protocol for the search for genomic markers based on a bioinformatic approach to the
study of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in human orthologues of rat genes differentially expressed under conditions of induced cerebral ischemia.
METHODS: We identified and analyzed nine SNPs in 553 Russians (331 IS patients and 222 controls). The National Institutes of Health Stroke Scale (NIHSS) was used to assess stroke severity. Functional recovery after stroke was assessed using the modified Rankin scale (mRS). The principles of selection of polymorphic markers analyzed in the
study were determined according to the protocol developed by us earlier. Selected SNP tags were genotyped using real-time polymerase chain reaction (PCR) TaqMan.
RESULTS: The relationship of SNP with both the risk of IS and the dynamics of its recovery was investigated. SNP rs66782529 (LGALS3) was associated with negative IS outcomes (p=0.048). SNPs rs62278647 and rs2316710 (PTX3) were significantly associated with IS risk (p=0.000029 and p=0.0025, respectively). The associations for rs62278647 and rs2316710 were found only in females, suggesting a gender-related PTX3 polymorphism.
CONCLUSIONS: This
study not only reveals some new genetic links to IS and its consequences, but also shows how the
study of gene variations in a rat model of cerebral ischemia can be useful in the search for genetic markers of this disease in humans.
UNASSIGNED: Исследовать ассоциации девяти генетических вариантов с риском и динамикой восстановления ишемического инсульта (ИИ), используя разработанный протокол для поиска геномных маркеров, основанный на биоинформатционном подходе к изучению однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в человеческих ортологах крысиных генов, дифференциально экспрессирующихся в условиях индуцированной ишемии головного мозга.
UNASSIGNED: Нами было идентифицировано и проанализировано 9 SNP у 553 россиян (331 пациент с ИИ и 222 лица группы контроля). Для оценки тяжести инсульта использовали шкалу инсульта Национальных институтов здоровья (NIHSS). Функциональное восстановление после инсульта оценивали по модифицированной шкале Рэнкина (mRS). Принципы отбора анализируемых в исследовании полиморфных маркеров определяли согласно разработанному нами ранее протоколу. Выбранные SNP-метки были генотипированы с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени TaqMan.
UNASSIGNED: Была исследована связь SNP как с риском ИИ, так и с динамикой его восстановления. SNP rs66782529 (LGALS3) ассоциировался с неблагоприятным исходом ИИ (p=0,048). SNP rs62278647 и rs2316710 (PTX3) были значимо связаны с риском ИИ (p=0,000029 и p=0,0025 соответственно). Эти корреляции для rs62278647 и rs2316710 были обнаружены только у женщин, что свидетельствует о связи с полом полиморфизма PTX3.
UNASSIGNED: Данное исследование не только выявляет некоторые новые генетические связи с ИИ и его последствиями, но также показывает, как изучение вариаций генов на крысиной модели ишемии головного мозга может быть полезным для поиска генетических маркеров этого заболевания у человека.