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Abstract：
OBJECTIVE: We established the largest Salmonella genome database from China and presented the landscape and spatiotemporal dynamics of antimicrobial resistance genes. We also found that economic, climatic, and social factors can drive the rise of antimicrobial resistance. The Chinese local Salmonella genome database version 2 was released as an open-access database (https://nmdc.cn/clsgdbv2) and thus can assist surveillance studies across the globe. This database will help inform interventions for AMR, food safety, and public health.
摘要：
食源性沙门氏菌感染仍然是全球主要的公共卫生问题。随着抗菌素耐药性的上升，基因组监测是追踪疫情和监测传播的关键，但是没有针对涉及人类的沙门氏菌的全面的国家监测计划，食物,动物,以及中国的环境。此外，抗菌素耐药性与气候之间的关联，社会,经济因素很少被调查。这里,我们使用从中国22个省收集的1,962个沙门氏菌分离株，并添加6,035个公开可用的基因组，以建立代表中国30个省的中国本地沙门氏菌基因组数据库版本2（CLSGDBv2），涵盖1905-2022年。使用CLSGDBv2，我们绘制了抗生素耐药性标记的景观和时空动态，病毒组，和沙门氏菌中的动员体。我们在7,997个分离株中鉴定出317个mcr阳性和745个阿奇霉素耐药基因阳性的沙门氏菌分离株。我们进一步揭示了mcr-1、fosA7、fosA3、mph(A)的地理分布面纱，和中国的blaCTX-M-55基因，所有这些都对包括粘菌素在内的至关重要的抗菌药物具有抗性，磷霉素,阿奇霉素,和第三代头孢菌素。有趣的是,经济,气候,和社会因素可以推动抗菌药物耐药性的上升。最后,我们发布了CLSGDBv2作为开放访问数据库,因此可以协助监测研究跟踪全球164种肠沙门氏菌血清变型和295种序列类型.CLSGDBv2可在https://nmdc免费获得。cn/clsgdbv2。IMPORTANCEWE建立了中国最大的沙门氏菌基因组数据库，并呈现了抗菌药物耐药基因的景观和时空动态。我们还发现经济上，气候,和社会因素可以推动抗菌素耐药性的上升。中国本地沙门氏菌基因组数据库版本2作为开放访问数据库（https://nmdc。cn/clsgdbv2)，因此可以协助全球范围的监测研究。该数据库将有助于为AMR的干预措施提供信息，食品安全,和公共卫生。
