Орфанные заболевания (ОЗ) встречаются в среднем у одного пациента на 10 тыс. населения в РФ и на 1,5—2 тыс. в странах Европы, Австралии и США. На основании анализа имеющихся данных различных подходов к их выявлению, в статье обсуждается проблема качества программ ранней диагностики ОЗ. Несмотря на тенденцию в развитии орфанного здравоохранения, показатели продолжительности и уровня жизни таких пациентов в РФ все еще могут быть скорректированы. Задачи работы — как выявление проблем диагностики ОЗ на уровне национального здравоохранения, так и обсуждение способов их регулирования с учетом международного опыта. Представлен обзор содержания национальных и территориальных программ здравоохранения, включающих передовой опыт оказания медицинской помощи пациентам с ОЗ в Австралии, Германии, Дании, Китае, Норвегии, Словении, Соединенном Королевстве, США и Японии, основное внимание уделено вопросам современных методов скрининга и диагностики. Приводятся данные исследований российских и зарубежных проектов, обсуждаются актуальные молекулярно-генетические и другие диагностические технологии — таргетное, полноэкзомное и полногеномное секвенирование с использованием технологий секвенирования следующего поколения и тандемной масс-спектрометрии. Определены наиболее эффективные мероприятия, ориентированные на повышение качества диагностики ОЗ, в частности расширение программы неонатального скрининга, создание сети экспертных центров ОЗ, централизованное ведение пациентских регистров.