Los avances en biología molecular alcanzados durante los últimos años nos han permitido conocer los genes que intervienen en la secreción biliar y las mutaciones capaces de generar un cuadro de colestasis. Los mecanismos involucrados en la formación de la bilis y su circulación han sido precisados. De acuerdo a la biología de la secreción biliar, clasificamos las causas genéticas de colestasis en 1) anomalías del transporte en las membranas canalicular o basolateral, 2) alteraciones del tránsito de vesículas intracelulares, 3) aumento de la permeabilidad paracelular, 4) mutaciones en los receptores nucleares, 5) colangiopatías, 6) enfermedades hepatocelulares, por perturbación de la función de orgánulos intracelulares o errores del metabolismo. Esta clasificación fisiopatológica de las colestasis crónicas de la infancia facilitará la orientación diagnóstica de los pediatras y la derivación especializada oportuna, ya que los pacientes deben recibir tempranamente un tratamiento adecuado a las complicaciones de la colestasis.