PDF(Pubmed)
Abstract：
Cervical cancer is one of the most frequent cancers in women and is associated with human papillomavirus (HPV) in 70 % of cases. Cervical cancer occurs because of progression of low-differentiated cervical intraepithelial neoplasia through grade 2 and 3 lesions. Along with the protein-coding genes, long noncoding RNAs (lncRNAs) play an important role in the development of malignant cell transformation. Although human papillomavirus is widespread, there is currently no well-characterized transcriptomic signature to predict whether this tumor will develop in the presence of HPV-associated neoplastic changes in the cervical epithelium. Changes in gene activity in tumors reflect the biological diversity of cellular phenotype and physiological functions and can be an important diagnostic marker. We performed comparative transcriptome analysis using open RNA sequencing data to assess differentially expressed genes between normal tissue, neoplastic epithelium, and cervical cancer. Raw data were preprocessed using the Galaxy platform. Batch effect correction, identification of differentially expressed genes, and gene set enrichment analysis (GSEA) were performed using R programming language packages. Subcellular localization of lncRNA was analyzed using Locate-R and iLoc-LncRNA 2.0 web services. 1,572 differentially expressed genes (DEGs) were recorded in the \"cancer vs. control\" comparison, and 1,260 DEGs were recorded in the \"cancer vs. neoplasia\" comparison. Only two genes were observed to be differentially expressed in the \"neoplasia vs. control\" comparison. The search for common genes among the most strongly differentially expressed genes among all comparison groups resulted in the identification of an expression signature consisting of the CCL20, CDKN2A, CTCFL, piR-55219, TRH, SLC27A6 and EPHA5 genes. The transcription level of the CCL20 and CDKN2A genes becomes increased at the stage of neoplastic epithelial changes and stays so in cervical cancer. Validation on an independent microarray dataset showed that the differential expression patterns of the CDKN2A and SLC27A6 genes were conserved in the respective gene expression comparisons between groups.
Рак шейки матки является одним из наиболее частых онкологических заболеваний у женщин и в 70 % случаев связан с вирусом папилломы человека (ВПЧ). Рак шейки матки развивается в результате прогрессии цервикальной интраэпителиальной неоплазии через поражения второй и третьей степени. Помимо белок-кодирующих генов, важную роль в развитии злокачественной трансформации клеток играют длинные некодирующие РНК. Хотя вирус папилломы человека широко распространен, в настоящее время нет хорошо охарактеризованных транскриптомных признаков, позволяющих предсказать злокачественную трансформацию клеток эпителия при наличии связанной с ВПЧ неоплазии эпителия шейки матки. Изменения генной активности в опухолях отражают биологическое разнообразие клеточного фенотипа и физиологических функций и могут быть важным диагностическим маркером. Используя открытые данные секвенирования РНК, мы провели сравнительный анализ транскриптома для оценки дифференциально экспрессируемых генов в образцах нормальной ткани, эпителия с диспластическими изменениями и раком шейки матки. Первичные данные были предварительно обработаны с использованием платформы Galaxy. Коррекция пакетного эффекта, идентификация дифференциально экспрессируемых генов и анализ обогащения набора генов выполнены в пакетах языка программирования R. Субклеточная локализация днРНК была проанализирована с помощью веб-сервисов Locate-R и iLoc-LncRNA 2.0. В сравнении «рак vs. контроль» зарегистрировано 1572 дифференциально экспрессируемых гена, в сравнении «рак vs. неоплазия» – 1260. Только два дифференциально экспрессируемых гена выявлено при сравнении контроля и неоплазии. Поиск общих среди наиболее сильно дифференциально экспрессируемых генов во всех группах сравнения привел к выявлению сигнатуры экспрессии, состоящей из генов CCL20, CDKN2A, CTCFL, piR-55219, TRH, SLC27A6 и EPHA5. Повышенный уровень транскрипции генов CCL20 и CDKN2A возникает на стадии неопластических изменений эпителия и сохраняется при раке шейки матки. Валидация на независимом наборе данных микрочипа показала, что паттерны дифференциальной экспрессии генов CDKN2A и SLC27A6 сохраняются в соответствующих сравнениях экспрессии генов между группами.
Рак шейки матки является одним из наиболее частых онкологических заболеваний у женщин и в 70 % случаев связан с вирусом папилломы человека (ВПЧ). Рак шейки матки развивается в результате прогрессии цервикальной интраэпителиальной неоплазии через поражения второй и третьей степени. Помимо белок-кодирующих генов, важную роль в развитии злокачественной трансформации клеток играют длинные некодирующие РНК. Хотя вирус папилломы человека широко распространен, в настоящее время нет хорошо охарактеризованных транскриптомных признаков, позволяющих предсказать злокачественную трансформацию клеток эпителия при наличии связанной с ВПЧ неоплазии эпителия шейки матки. Изменения генной активности в опухолях отражают биологическое разнообразие клеточного фенотипа и физиологических функций и могут быть важным диагностическим маркером. Используя открытые данные секвенирования РНК, мы провели сравнительный анализ транскриптома для оценки дифференциально экспрессируемых генов в образцах нормальной ткани, эпителия с диспластическими изменениями и раком шейки матки. Первичные данные были предварительно обработаны с использованием платформы Galaxy. Коррекция пакетного эффекта, идентификация дифференциально экспрессируемых генов и анализ обогащения набора генов выполнены в пакетах языка программирования R. Субклеточная локализация днРНК была проанализирована с помощью веб-сервисов Locate-R и iLoc-LncRNA 2.0. В сравнении «рак vs. контроль» зарегистрировано 1572 дифференциально экспрессируемых гена, в сравнении «рак vs. неоплазия» – 1260. Только два дифференциально экспрессируемых гена выявлено при сравнении контроля и неоплазии. Поиск общих среди наиболее сильно дифференциально экспрессируемых генов во всех группах сравнения привел к выявлению сигнатуры экспрессии, состоящей из генов CCL20, CDKN2A, CTCFL, piR-55219, TRH, SLC27A6 и EPHA5. Повышенный уровень транскрипции генов CCL20 и CDKN2A возникает на стадии неопластических изменений эпителия и сохраняется при раке шейки матки. Валидация на независимом наборе данных микрочипа показала, что паттерны дифференциальной экспрессии генов CDKN2A и SLC27A6 сохраняются в соответствующих сравнениях экспрессии генов между группами.
摘要：
暂无翻译
