A análise das respostas primárias e de recall a uma molécula de membrana (MMP), codificada por MAP2121c demonstrou que a sinalização tridirecional entre a célula apresentadora de antígeno (APC), CD4 e CD8 é essencial para provocar uma resposta de células T citotóxicas CD8 (CTL) contra Mycobacterium avium subsp. paratuberculose. Conforme relatado aqui, o sequenciamento de RNA foi usado para iniciar a caracterização das vias de sinalização envolvidas na indução do desenvolvimento de CTL CD8, começando com a caracterização do status de ativação de genes em macrófagos derivados de monócitos (MoMΦ) após captação e processamento de MMP para a apresentação de epítopos antigênicos às células T CD4 e CD8. O status de ativação foi comparado com a captação e processamento de LPS, um estimulador inespecífico de macrófagos. Foram identificados 1.609 genes que foram regulados positivamente e 1.277 foram regulados negativamente três horas após a captação e processamento de MMP. Nenhuma diferença significativa foi observada nos genes de citocinas selecionados para análise da sinalização que deve ocorrer entre APC, CD4 e CD8 para o desenvolvimento de CTL. As observações iniciais indicam que o rastreio do transcriptoma deve incluir genes envolvidos na sinalização entre APC e CD4 e CD8, independentemente do seu estado de activação. Quatro genes de interesse neste estudo, IL12A, IL12B, IL15 e IL23A, não foram significativamente diferentes dos valores de controle. Os estudos iniciais também indicam que o MoMΦ pode ser incluído com células dendríticas e células dendríticas derivadas de monócitos para análise adicional da sinalização tridirecional necessária para o desenvolvimento de CTL.