Bacillus clausii es un bacilo grampositivo que se utiliza como probiótico para tratar la diarrea y los efectos secundarios de los antibióticos como la colitis pseudomembranosa. Presentamos un caso de bacteriemia por B. clausii en un paciente no inmunodeprimido con enfermedad ulcerosa péptica activa y diarrea aguda. El probiótico se administró durante la hospitalización del paciente por diarrea de origen infeccioso. B. clausii se identificó en el torrente sanguíneo de la paciente a través del tiempo de vuelo por ionización por desorción láser asistida por matriz (MALDI-TOF) días después de su alta. Dado el amplio uso de probióticos, alertamos a los médicos para que consideren este microorganismo como agente causal cuando se establezcan signos de infección sistémica, compromiso metabólico e inestabilidad hemodinámica después de su administración y no se hayan identificado patógenos que puedan explicar el curso clínico.